O ZFS é um candidato ideal nesse caso, por causa de somas de verificação robustas, snapshots, capacidade de exportar e desanexar o pool e usar o envio e recebimento do ZFS para backups diferenciais de alta eficiência.
Uma pegadinha importante com drives USB externos é garantir que a sua piscina não seja marcada como defeituosa se a sua unidade reduzir a economia de energia. Existem soluções alternativas para isso, como desativar a economia de energia no dispositivo ou exportar o pool depois que os backups forem concluídos para que ele possa ser armazenado com segurança.
Além disso, o lz4 é ótimo para compactação e está disponível em versões posteriores do pool.