A maneira mais fácil de fazer isso (no bash) seria mudar para o diretório e fazer algo como:
for i in *.~1~; do mv $i ${i%.~1~}; done
O acima irá iterar todos os arquivos *.~1
e movê-los para o equivalente sem a extensão (especificada pelo ${i%.~1~}
target). Procure as substituições textuais da sua concha.
Você pode fazer algo semelhante para diretórios, mas se você tiver apenas um diretório lá, é mais simples fazê-lo manualmente
mv underscore.~1~ underscore