O gerenciador de pacotes é apenas isso - um gerenciador de informações sobre pacotes, ele não sabe realmente o que está em seu sistema, apenas quais pacotes ele instalou e, portanto, o que ele supõe estar em seu sistema.
O problema óbvio com este design é que os dois podem ficar fora de sincronia, digamos, se você instalou o JRE manualmente baixando-o do oracle, então o gerenciador de pacotes não tem nenhum indício de que está lá e, portanto, faz o trabalho de apontar a cadeia de dependência com falha.
Existem várias opções, assumindo que este é o problema (verifique sua lista de pacotes rpm, esqueço os parâmetros do rpm) por ordem de: (1) Você pode instalar sua versão distribuições do JRE, o que tornará o gerenciador de pacotes feliz, (2) Você pode falsificar o gerenciador de pacotes, então ele acha que a dependência "jre versão 1.7.0" está realmente instalada, com ou sem instalá-lo, então subverter os binários java para usar sua versão instalada ou (3) você pode instalar tomcat com a opção --nodeps para ignorar dependências. Esteja ciente (3) é um declive escorregadio e você vai acabar ignorando mais dependências e sub-dependências ao longo do tempo.