Se você quiser executar um comando e obter o resultado, use a linha abaixo
d='git log'
No seu script você tem que mudar duas coisas. Eu tenho o script correto abaixo
#!/bin/bash rep="*" for f in 'ls -R $rep'; do d='git log $f| wc -l' c=$d echo $c done
Editar: A correção original está mudando as cotações para backticks para fazer a saída atingir a variável d. Além disso, o $ rep deve estar dentro dos backticks com o ls, caso contrário, ele adicionará o * no final do último nome de arquivo processado.