Dê uma olhada no seu gerenciador de exibição (lightdm, gdm, kdm, xdm, wdm).
Novas versões lightdm podem ter uma entrada session-cleanup-script na seção [SeatDefaults] de /etc/lightdm/lightdm.conf .
Para o gdm, você pode colocar um script no diretório PostSession .
Para o kdm, xdm e wdm, dê uma olhada em esta resposta no SuperUser .