Dê uma olhada no seu gerenciador de exibição (lightdm, gdm, kdm, xdm, wdm).
Novas versões lightdm podem ter uma entrada session-cleanup-script
na seção [SeatDefaults]
de /etc/lightdm/lightdm.conf
.
Para o gdm, você pode colocar um script no diretório PostSession .
Para o kdm, xdm e wdm, dê uma olhada em esta resposta no SuperUser .