Se você tem o comando unix rename
instalado, você pode fazer isso trivialmente assim:
$ rename v000 v09 *.jpg
$ ls -1
ve2_sq021_sc001_v09.0101.jpg
ve2_sq021_sc001_v09.0102.jpg
ve2_sq021_sc001_v09.0103.jpg
ve2_sq021_sc001_v09.0104.jpg
NOTA: Isso está usando a implementação rename
incluída no pacote util-linux .