Coloque aspas ao redor do caminho, mas deixe o ~ fora das aspas:
cp RubyTest.sublime-settings \
~/"Library/Application Support/Sublime Text 2/Packages/User"
Entre aspas, não é possível usar a sintaxe ~ , mas você pode usar o mais longo $HOME :
cp RubyTest.sublime-settings \
"$HOME/Library/Application Support/Sublime Text 2/Packages/User"