Você poderia fazer isso de maneira críptica usando operadores condicionais aninhados? (também operadores ternários)
awk '{$2 = $1 ~ /-01$/? 2: $1 ~ /-99$/? 1: $1; print}' input
PE01-02-01 2
PE01-02-99 1
PE01-03-01 2
PE01-03-99 1
PE01-05-01 2
PE01-05-99 1
Alternadamente
awk '{n = split($1, a, "-"); $2 = a[n] == "01" ? 2: a[n] == "99"? 1: a[n]; print}' input