A idéia do ephemient é intrigante. Tente instalar outros mecanismos GTK e alternar para eles para ver se o Skype é capaz de usar os novos sem voltar para Raleigh. Eu sei que soa um pesadelo, mas você também pode executar o Skype com strace e ver quais arquivos ele não consegue abrir (se houver). Além disso, qual mecanismo você está usando? Gnome / GTK 2 ou 3?
Como outro ponto de dados, estou executando no Ubuntu 11.10 de 64 bits com Unity e Radiosity e ele pega o mecanismo corretamente.
Uma nota final: gostaria de comentar sobre a resposta do epemient, mas eu sofro de baixo carma aqui. : - (