I wanted to use the Kompare utility, that's all. My Ubuntu is otherwise using the ubuntu default Unity desktop framework. Have I just destabilized my desktop?
Eu não penso assim. Isso é comum com componentes GUI de DEs específicos. Geralmente eles podem ser executados sem o próprio DE (dentro de um DE diferente, ou qualquer outro), mas eles requerem componentes compartilhados que foram compilados pela distro com outras dependências, etc. Pode até acontecer com componentes não-GUI que não são parte do DE: o pior exemplo que vi ultimamente foi a instalação do doxygen (um documentador para código-fonte) em um sistema debian mínimo: ele requeria 1/2 GB de dependências, porque o doxygen usa látex que requer material GUI (e note que o sistema já tinha o X instalado!) até e incluindo algumas partes do Qt e do KDE, eu acho.
Parece muito, mas presumindo que você não tenha muitas restrições de espaço em disco, isso não deve fazer outra diferença para o seu sistema. A maioria dessas coisas nunca será carregada na memória; objetos compartilhados podem ser parcialmente carregados , mas o sistema de dependências assume que tudo pode ser necessário. Esta é realmente uma estratégia muito razoável. Tenha em mente que a maioria das distribuições Linux, incluindo o Ubuntu, tem uma pegada relativamente pequena quando instalada pela primeira vez; Eu acho que é geralmente < 20 GB. Compare isso com outros sistemas operacionais mainstream que irão gastar pelo menos 100 GB desde o início.
I seem to have installed KDE on Ubuntu 13.04 desktop
Você quer dizer que o KDE assumiu como seu desktop padrão? Se assim for, então você deve fazer uma pergunta (ou pesquisar) sobre como configurar a área de trabalho padrão no Ubuntu.
Se não, não se preocupe com isso. Não é errado e não deve ser um problema. É comum ter vários DEs instalados no mesmo sistema e, em muitos casos, é até mesmo possível executar vários DE's ao mesmo tempo com sessões de login separadas.