Em primeiro lugar, chmod a-r bin/python
não impede que o python remova arquivos. Isso impede que qualquer pessoa que não seja proprietário ou não no grupo correto leia esse arquivo.
Se você deseja executar um código não seguro em um "jail", sugiro usar chroot jail . Tenha em mente que, para que o chroot seja executado com eficácia, o executável do python não deve ser executado sob privilégios de root.