Info-Zip não ( ainda , mas não prenda a respiração) suporte à criptografia AES, mas 7-zip does :
7z a -mx=0 -mem=AES256 -p archive.zip file1 file2
solicitará uma senha e armazenará file1 e file2 , não compactados, criptografados usando AES-256, em archive.zip . No Debian, 7z está disponível em o pacote p7zip-full .
O arquivo resultante não será extraível usando unzip da Info-Zip; você precisará de 7-zip ou outro extrator compatível com PK5.1.
Aplicando isso ao seu exemplo:
for file in File*; do 7z a -mx=0 -mem=AES256 -p "${file}.zip" "${file}"; done
(você pode especificar a senha a ser usada depois da opção -p , supondo que você confie em tudo que está em execução no sistema e em outros usuários que possam estar conectados).