Acredito que ambos XSane e Simple Scan pode fazer isso. Na digitalização simples,
Each page you scan is added to the end of your document. To start a new document select Document ▸ New. Individual pages can be deleted by right clicking a page or pressing the Delete key.
Na minha experiência, o Simple Scan é mais fácil de usar em geral, mas eu não usei especificamente para esse propósito.
Se o seu objetivo principal é produzir um único pdf no final, você pode sempre digitalizar cada página e salvar cada página separadamente com nomes de arquivos como document-page-01.pdf (observe que usei 01, se você tiver mais de 9 páginas, isso é importante para garantir a classificação adequada das páginas no documento final), então você pode usar o ImageMagick's Comando convert para mesclá-los facilmente em um documento:
convert /path/to/document-page-*.pdf combined-document.pdf
O ImageMagick pode ser facilmente instalado em todas as principais distribuições Linux. Outra ferramenta que produzirá resultados semelhantes é o pdftk que, de acordo com o site, usa o seguinte sintaxe para mesclar arquivos:
pdftk /path/to/document-page*.pdf cat output combined-document.pdf
Eu sempre usei convert , pois é uma ótima ferramenta para arquivos de imagem, mas me dizem que o pdftk costuma ser muito mais rápido e produz melhores PDFs usando as configurações padrão.
Isso geralmente é bom quando você já tem um longo PDF e deseja anexar páginas a ele.