Se eu entendi o que você está perguntando, parece que, com o GNU tar, o seguinte fará:
tar --extract --file in.tar --directory /extract /home/me/stuff --strip 3
Simulando com um arquivo com o seguinte conteúdo:
$ tar tf in.tar
home/
home/me/
home/me/stuff/
home/me/stuff/b
home/me/stuff/a
home/foo
E um diretório de saída /tmp/extract
(que deve ser criado antes), obtemos:
$ find /tmp/extract
/tmp/extract
/tmp/extract/b
/tmp/extract/a
Observe como o arquivo foo
não foi extraído.