Graças ao roaima, sudo lsof | grep -i deleted
me deu a dica correta:
...
ACPI\x20P 115235 115264 user 18w REG 252,0 71889 2090030 /home/user/.minikube/machines/minikube/minikube/Logs/VBox.log (deleted)
ACPI\x20P 115235 115264 user 19r REG 252,0 157843456 2090240 /home/user/.minikube/machines/minikube/boot2docker.iso (deleted)
ACPI\x20P 115235 115264 user 20u REG 252,0 16021913600 2090248 /home/user/.minikube/machines/minikube/disk.vmdk (deleted)
...
Resumindo, descobri que na minha máquina Linux, o VirtualBox estava rodando em segundo plano, tendo esses três arquivos ainda abertos. Eu não sabia que o Linux mantém o espaço em disco reservado para arquivos que são abertos, mas que foram apagados nesse meio tempo.
Eu matei o VirtualBox ("desligar e ligar novamente a máquina" pode ter sido uma boa ideia também) e voilà:
$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
udev 3.9G 0 3.9G 0% /dev
tmpfs 797M 80M 718M 10% /run
/dev/mapper/vg_ldt-lv_root 33G 15G 17G 46% /
tmpfs 3.9G 12M 3.9G 1% /dev/shm
tmpfs 5.0M 4.0K 5.0M 1% /run/lock
tmpfs 3.9G 0 3.9G 0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1 1.9G 160M 1.6G 10% /boot
tmpfs 797M 0 797M 0% /run/user/998
tmpfs 797M 84K 797M 1% /run/user/3841712
tmpfs 797M 0 797M 0% /run/user/999