dh_auto_install apenas reconhece --destdir como uma opção; quando você escreve -- prefix=... , essa não é uma opção dh_auto_install , é um argumento que é passado para qualquer programa que o dh_auto_install determine que precisa ser executado para realizar a instalação.
No entanto, dh_auto_install provavelmente não é a ferramenta adequada para o que você está tentando alcançar. O prefixo final da instalação é geralmente especificado no momento da configuração, não no momento da instalação; para isso, você substituiria dh_auto_configure :
override_dh_auto_configure:
dh_auto_configure -- --prefix=/opt/A/B/C