Rodando
wine /home/t/pdfxcview/PDFXCview.exe
normalmente resultará em vários processos sendo iniciados, para fornecer o ambiente típico do Windows que um binário do Windows espera ( explorer.exe etc.). O Wine inicia todos estes processos via wineserver , e separa todos eles - então eles não são filhos da sua casca, nem mesmo de wineserver . O binário que você pediu ao Wine para ser executado pode ser um processo filho do shell, mas também é rejeitado para que possa sobreviver ao pai. Sair do shell a partir do qual você iniciou todos esses processos não os afeta.
Para matar um programa do Windows, você precisa encontrar o seu pid e matá-lo diretamente. Você pode matar todos processos do Wine com wineserver -k .
Quando você executa PDFX.sh & , um novo shell é iniciado para processar o script e esse shell executa Wine para iniciar PDFXCview.exe . Quando você executa kill %1 , está eliminando o shell que está executando o script, não o processo do Wine. O processo do Wine continua em execução (re-parented para pid 1).
Quando você executa wine /home/t/pdfxcview/PDFXCview.exe & , o processo do Wine é iniciado diretamente. Quando você executar kill %1 , estará eliminando o processo do Wine, que interrompe o programa do Windows. Se nenhum outro programa do Windows estiver em execução, wineserver deve terminar logo em seguida.