Na atual, a metacity do Ubuntu não é mais o gerenciador de janelas padrão, portanto a solução aceita não funciona mais. Em vez disso, há uma configuração diferente que você pode alterar. Defina a combinação de teclas para um array vazio.
Em um terminal:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys terminal '[]'
Para desfazer a alteração novamente
gsettings reset org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys terminal
Caso isso mude novamente, encontrei isso procurando todas as configurações que mencionam "terminal"
gsettings list-recursively | grep terminal
Eu tive esse problema porque ele interfere em um atalho de teclado do Emacs para transpor sexps.