O tempo necessário para criptografar é proporcional ao tamanho dos dados, além de uma sobrecarga constante. Você não pode economizar tempo para toda a operação dividindo os dados, exceto aproveitando vários núcleos para que ele tenha o mesmo tempo de CPU geral (ou muito pouco mais), mas menos tempo de relógio de parede. A separação pode, é claro, ser vantajosa se mais tarde você quiser acessar parte dos dados.
O GnuPG comprime os dados antes de os criptografar. Se os dados já estiverem compactados, isso não fará nada útil e poderá atrasar um pouco o processo.
Eu recomendo a duplicidade para fazer backups criptografados. Ele cuida da coleta de arquivos e da chamada GPG e sabe como fazer backups incrementais. Ele divide os dados em vários volumes, de modo que pode economizar tempo na parede criptografando um volume enquanto coleta arquivos para o próximo.
A primeira vez que você fizer o backup de 50 GB será lenta, independentemente. Se você tem aceleração AES em seu hardware, isso ajuda (desde que você tenha certeza de que o GPG está usando o AES - , mas ele usa as preferências da sua chave pública e isso deve ser padrão para o AES, mesmo no GPG 1.4 ou 2.0).