É possivelmente devido à configuração unattended-upgrades em seu sistema Debian. unattended-upgrades foi introduzido para manter seu sistema atualizado em relação à segurança e outras atualizações.
Você pode configurar o unattended-upgrades para ativado / desativado, modificando seu arquivo de configuração: /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
Para mais informações, leia: link