A diferença resulta do truncamento dos valores após o cálculo das somas. /proc/stat
calcula as somas dos tempos decorridos em nanossegundos e depois converte os valores resultantes em USER_HZ
usando divisão inteira que trunca.
Assim, se todas as quatro CPUs tiverem valores individuais de 1,3, você receberá uma soma de 5,2, truncada em 5 para a primeira linha e 1 para cada linha de CPU.