the directory […] simply doesn't exist on my system
Você não instalou a árvore de ports . Se você quiser usar portas (que podem ser usadas ao lado de pacotes, como as portas simplesmente aplicam o mesmo mecanismo de pacote a pacotes construídos localmente a partir da fonte), então você precisa instalar a árvore de ports.
Claro, se você quiser continuar usando apenas o pacote binário que você baixou de um repositório de pacotes binários, então você não precisa instalar a árvore de ports. A árvore de ports não é necessária para a execução atual dos softwares empacotados.
Quanto ao local onde o pacote binário instalou seus arquivos: Esse é um exercício simples no uso do comando pkg .
pkg query '%Fp' emulators/linux_base-c6