python36u é uma versão alternativa fornecida por IUS ; python36 é um pacote EPEL .
yum info python36 python36u mostrará repos diferentes para os dois, e é provável que o IUS tenha um número de versão menor um pouco maior que o pacote EPEL. E só para tornar as coisas ainda mais confusas, há também as Redhat Software Collections , que fornecem rh-python36-python .
Em última análise, tudo se resume a um trade-off da versão recente e ciclo de suporte longo, eu acho.