Isso está perfeitamente bem e não é motivo de preocupação. Um exemplo de quando isso pode ocorrer é a atualização do seu canal, caso em que você terá duas (ou potencialmente mais) cópias do nixpkgs. Mesmo se você reconstruir seu sistema com base no canal atualizado, uma geração mais antiga do sistema ainda poderá se referir à versão antiga.
Em um caso mais geral - independentemente de poder ser referido por algo, o Nix não irá remover a versão antiga a menos que a coleta de lixo seja executada.