Você diz que está copiando a mesma pasta no cliente. É dual boot, então você está usando o NTFS. Os sistemas Linux gravam em sistemas NTFS por meio do subsistema FUSE, que usa o código do modo de usuário para implementar o código de acesso ao sistema de arquivos. Todo bloco escrito ou lido precisa passar por essa interface FUSE, que é muito mais lenta que o código nativo do kernel.
Você também diz que está copiando a mesma pasta de um compartilhamento remoto do Windows. Nos sistemas Linux, isso é implementado por meio do SAMBA, que também é um código de modo de usuário. Então esse é outro gargalo.
Se você usasse uma solução nativa do Linux (que eu concedo, neste caso você não pode), você descobriria que era tão rápido quanto a solução nativa do Windows.