Não há nada que o impeça de usar os diretórios de estilo Debian.
Crie os diretórios sites-available e sites-enabled .
Não se esqueça de que os vhosts dentro de sites-enabled são links simbólicos para ../sites-available/vhost_name.conf .
Em seguida, inclua a sites-enabled no final do arquivo de configuração.
Como mencionado, eu prefiro a definição vhosts terminando como .conf, então adicione ao final de httpd.conf :
Include sites-enabled/*.conf