Você já tentou phpenmod -v 7.0 extension ?
Alternativamente, você mesmo pode criar o link simbólico (que é o que o phpenmod faz internamente):
ln -s /etc/php/7.0/mods-available/extension.ini /etc/php/7.0/apache2/conf.d/extension.ini
Acabei de atualizar para o ubuntu 16.04. Agora eu tenho em /etc uma pasta para php5.6, uma para 7.0 e uma para 7.1, cada uma com sua subpasta mods-available .
Eu instalei a extensão php7.0-zip e a vejo na subpasta mods-available para o php7.0.
Como habilitar isso? phpenmod irá procurar na versão 5.6 mods-available apenas ...
Você já tentou phpenmod -v 7.0 extension ?
Alternativamente, você mesmo pode criar o link simbólico (que é o que o phpenmod faz internamente):
ln -s /etc/php/7.0/mods-available/extension.ini /etc/php/7.0/apache2/conf.d/extension.ini