Com único egrep :
egrep 'ora\b.*orange|orange.*ora\b' file
A saída:
ora,orange,apple
orange,apple,ora,banana
Ou com uma única expressão sed :
sed -n '/orange/{/ora\b/p}' file
ora,orange,apple
orange,apple,ora,banana
Em ambas as abordagens \b
(limite de palavras) é usado.