A ferramenta composite do ImageMagick parece ideal para isso. Você faria algo como
composite -geometry +20+20 foreground.jpg background.jpg composite1.jpg
composite -geometry +30+20 foreground.jpg background.jpg composite2.jpg
para produzir composite1.jpg contendo foreground.jpg sobre background.jpg na posição 20 × 20 e composite2.jpg da mesma forma, mas na posição 30 × 20.
O site ImageMagick tem alguns exemplos de composição .