Sugiro limpá-lo usando um USB ativo com uma distro de sua escolha. Apenas certifique-se de não montar nem o pen drive infectado nem qualquer disco que você tenha em sua máquina.
Como o pen drive é na verdade um sistema vazio sem nenhum dado valioso, não há nada para corromper. Além disso, a distro ao vivo é carregada na sua RAM, que não salva nenhum dado quando você desliga a sua máquina.
Esse é o caminho a percorrer.