Por "usuário principal", suponho que você esteja falando do proprietário do arquivo? Encontrar provavelmente funcionaria para você. Assumindo / dir é o diretório que você está fazendo em:
# find /dir -type d -exec chmod 750 {} \;
# find /dir -type f -perm -u-x -exec chmod 640 {} \;
# find /dir -type f -perm -u+x -exec chmod 750 {} \;
O primeiro altera todos os diretórios para 750. O segundo altera os arquivos sem permissão executável do proprietário para 640. O terceiro altera os arquivos com + x para o usuário para 750. Esses provavelmente poderiam ser combinados em um único comando de localização, mas isso levaria um pouco mais de tempo para trabalhar do que eu tenho que gastar agora.