Você pode estar procurando no lugar errado para armazenar informações de configuração do aplicativo.
/etc/profile é usado para a configuração das configurações padrão para os shells de login (por exemplo, quando o SSHing entra e invoca bash como o shell de login). Sua finalidade não é para a configuração de locais de instalação de aplicativos e afins.
/etc/ como um todo é, no entanto, exatamente isso. O que provavelmente é a melhor maneira de realizar o que você está procurando é definir um arquivo de configuração que sempre vive em e. g. /etc/myservice.conf , que pode ser algo como:
# Configuration file for the My Service daemon
#
# Default settings:
# myservice_root - The directory in which the service is installed
# Default: /var/run/myservice
# myservice_port - The TCP port upon which the service listens for incoming connecitons
# Default: 55321
myservice_root=/opt/myservice
myservice_port=6466
Seu aplicativo, então, sempre pode ver /etc/myservice.conf para sua configuração, não importa em que local do sistema de arquivos ele esteja instalado, e outros administradores do sistema podem ver instantaneamente o que é o arquivo e quais opções estão disponíveis para ser reconfigurado.