O problema com apt-get install ou apt-get upgrade seria corrigido por apt-get update . Isso precisa ser executado antes da primeira tentativa de instalar pacotes ou como a primeira etapa em qualquer atualização de pacote. Claro, isso pode mostrar apenas um erro mais específico.
A atualização através da interface gráfica das Configurações provavelmente usa o PackageKit. No seu sistema, ele atua como um frontend para apt-get . Lamento dizer que o PackageKit pode ser difícil de entender e solucionar problemas. Acho que você tem a abordagem correta ao tentar solucionar problemas com comandos apt-get específicos no terminal, primeiro.
Por exemplo, o PackageKit tem uma linha de comando equivalente a apt-get update . Em primeiro lugar, você precisa conhecer as opções certas para resolver um problema como este: pkcon refresh force ou pkcon -c 1 refresh . Em segundo lugar, se os repos não puderem ser contatados, ele poderá listar apenas esses repos (no Debian), ou nada (Fedora IIRC, ou se achar que o computador não tem conexão de rede). O comando pkcon não tende a listar erros mais específicos. Em teoria, o PackageKit é projetado para atualizar laptops que podem ou não ter acesso à Internet em um determinado momento. Na prática, não consegue lidar com interrupções de rede; uma tentativa de corrigir isso foi enviada há algum tempo, mas requer revisão e não foi respondida. link