Geralmente, os administradores de sistema com uma base de instalação mista usariam um sistema de gerenciamento / orquestração de configuração entre plataformas, como Puppet, Chef ou Ansible, para gerenciar atualizações.
Você também pode configurar uma dessas ferramentas em uma escala menor, se quiser.
Ou, no Fedora *, você pode usar o DNF Automático - veja a página do Fedora sobre como configurar isso . Isso é melhor que um script cron simples porque ele tem melhor tratamento de erros e mais opções de saída.
Para o Ubuntu, há instruções na wiki da comunidade para atualizações automáticas , mas eu não as usei, então eu não posso comentar mais do que apenas fornecer o ponteiro.
* divulgação: Eu trabalho no Fedora