Você pode fazer com que /home/user/Downloads seja um link para um diretório mais profundo da montagem, que é montado em outro lugar. Isso provavelmente faria com que o download do torrent falhasse.
Por exemplo, se o diretório de destino for /user/Downloads no HDD, que é montado em /HDD , então /home/user/Downloads deverá ser um link para /HDD/user/Downloads e esse diretório certamente não existirá, a menos que HDD está montado.