Este é o erro relevante:
src/thrifty.yy: In function 'int yyparse()':
src/thrifty.yy:1309:30: error: 'strdup' was not declared in this scope
Provavelmente, uma inclusão está ausente. Você pode tentar adicionar
#include <string.h>
para o início do arquivo src/thrifty.yy
E denuncie o bug para o link