O que você precisa é de um editor de partições para criar uma partição no espaço não utilizado da sua unidade USB. Então você pode criar um sistema de arquivos naquele espaço não utilizado. Eu não estou muito familiarizado com isso, mas acredito que gparted
permitirá que você faça as duas coisas através de sua interface gráfica.
Também pode ser possível expandir a partição existente, mas existe o risco de isso quebrar o instalador e você precisará começar novamente.