Na maior parte, um AV apenas verifica arquivos. Ele removerá cargas maliciosas do Windows quando executado no Linux (e vice-versa). A detecção não depende da arquitetura do host ou do sistema operacional, pois o código de malware não está sendo executado pelo antivírus em tempo de execução. Portanto, contanto que você monte sua partição Windows NTFS em algum lugar no Linux, você pode dizer ao seu Linux AV para escanear os arquivos nele em busca de malware (ou simplesmente deixá-lo fazer a coisa padrão onde ele verifica todos os sistemas de arquivos possíveis).
Assim, você está procurando por um software Linux AV, sem requisitos especiais.