Eu entendo o tempo todo. O truque é obter o PID das janelas abertas (geralmente todas as janelas abertas neste problema têm o mesmo PID). O que você precisa é o seguinte
wmctrl -l -p
Isso lhe dá a lista de todas as janelas abertas com seus PID e nomes! Por exemplo, no meu caso, mostrou:
0x05000003 0 19086 Earthshake
0x05000008 0 19086 Earthshake mostafa's iPhone
0x05000012 0 19086 Earthshake
A terceira coluna é o PID para matar! Então, simplesmente use o comando kill
. Por exemplo:
kill -9 19086