Parece que você esqueceu o espaço antes de fechar o aparelho. Deve ser assim
if [[ -r "${i}_Forward_Trimmed.fa" && -r ../REVERSE_COMP/"${i}_Reverse_RevComp.fa" ]]
Eu escrevi o seguinte script:
#!/bin/bash
SINGLE='cut -c 7-13 Data.txt'
cd ../FASTA_SEC_EDITED/
for i in ${SINGLE}; do
if [[ -r "${i}_Forward_Trimmed.fa" && -r ../REVERSE_COMP/"${i}_Reverse_RevComp.fa"]]
then
cp ${i}_Forward_Trimmed.fa ../Aling/Input_Muscle/${i}_Input.fa >> ../REVERSE_COMP/${i}_Reverse_RevComp.fa
usr/bin/muscle3.8.31_i86linux64 -in ../Aling/Input_Muscle/${i}_Input.fa -out ../Align/${i}_CONSENSUS.fa
else
echo "Does not exist"
fi
done
Mas, mas algo parece estar errado com a instrução if. O Bash retorna o seguinte erro:
muscle_test.sh: line 8: syntax error in conditional expression
muscle_test.sh: line 9: syntax error near 'then'
muscle_test.sh: line 9: ' then'
Eu comecei a escrever um operador AND, mas parece que está tudo bem, não sei o que está errado lá. Alguma idéia?
Obrigado
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