Eu acho que isso é algum tipo de software científico e deve ser capaz de aceitar a entrada do pipe. Você pode tentar:
echo "My input string" | gmx pdb2gmx -f protein_name.pdb -o protein_name_processed.gro -water spce
se você tiver espaços em sua string, as aspas duplas não são opcionais. Se for uma entrada de uma única palavra, você pode ignorá-las.