você pode mudá-los se você disser ao sed para pegar o M a linha começa com ^ M.
sed -i "s/^M/MT/g" filename
Explicação:
- o
-i
instruirá o sed para substituir a entrada no arquivo. Você pode use-i.bak
se você quiser ter um backup do arquivo original. -
^M
instruirásed
para corresponder apenas ao que começa a linha comM
.