Faça o backup de /etc . (E não coloque arquivos de configuração em outro lugar, obviamente, por exemplo, nunca modifique arquivos em /usr .)
Em vez de instalar o seu próprio, instale o etckeeper , que automaticamente comete modificações no sistema de controle de versão escolhido nas atualizações de pacotes. Quando você fizer alterações, confirme-as ( git commit ou hg commit ou bzr commit ou darcs record ) com uma mensagem de log explícita para lembrar por que você fez isso.