No caso simples que você mostra acima, onde cada linha tem duas "palavras", o diretório de destino e o novo nome, e onde nenhum pode conter nenhum espaço em branco, você pode simplesmente fazer:
while read -r from to; do mv "$from" "$to"; done < file
Isso lerá cada linha em file e atribuirá a primeira cadeia (até o primeiro espaço em branco) a $from e o restante da linha a $to e, em seguida, a executar mv em cada uma delas.