Você pode verificar a configuração de uma interface, digamos eth0, com ethtool
:
$ sudo ethtool eth0 | grep Wake
Supports Wake-on: pumbg
Wake-on: g
Na página man do ethtool você pode desativá-lo com
$ sudo ethtool -s eth0 wol d
Quando isso é configurado, depende do que você usa para iniciar sua rede. archlinux dá alguns exemplos (para ativá-lo, mas o inverso deve ser claro) para netctl, systemd, nmcli (NetworkManager) e udev.