Eu encontrei seu problema. O -A".html" o restringe a aceitar somente arquivos que terminam em .html . Se você remover essa seção, começará a baixar todos os arquivos.
wget -w5 -r -nd -e robots=off -U mozilla http://wwwnc.cdc.gov/travel/yellowbook/2016/table-of-contents
Editar:
Se você quiser excluir arquivos js / css / etc, seria melhor usar -R para formar uma lista de rejeição, em vez de incluir apenas html .
