Este é um problema conhecido no Fish, # 982 . Aparentemente, eles querem que você use eval
ou analise a saída para converter os espaços em novas linhas:
eval g++ -o code code.cc (pkg-config opencv --cflags --libs)
g++ -o code code.cc (pkg-config opencv --cflags --libs | perl -pe 's/\s+/\n/g')