Seu uso de &
para segundo plano no primeiro processo está correto aqui, já que presumo que bignibou-server
precisa estar em execução durante seus testes?
De longe, o método mais simples de introduzir um atraso antes de iniciar seus testes é usar o comando sleep:
./gradlew assemble
java -jar bignibou-server/build/libs/bignibou-server.jar &
sleep 60
node_modules/.bin/protractor bignibou-client/protractor.conf.js
Isso adicionaria um atraso de 60 segundos antes do início dos testes. Veja man sleep
para mais informações.