Como Tom Hunt disse, você pode usar file e ele informará se as linhas terminam com CRLF.
Ou você pode usar o GNU cat -A filename para inspecionar visualmente o arquivo. As linhas que terminam em CRLF serão semelhantes a:
blahblahblah^M$
Uma alternativa mais portátil é usar sed -n l filename . As linhas que terminam com CRLF serão semelhantes a:
blahblahblah\r$