O Rysnc tem um número quase insano de opções, então a resposta é "depende".
Geralmente o rsync só copia "blocos" alterados de um arquivo - da página de manual:
It is famous for its delta-transfer algorithm, which reduces the amount of data sent over the network by sending only the differences between the source files and the existing files in the destination.
Se você quiser apenas "arquivos inteiros": -W, - arquivo inteiro
Veja também o sinalizador --inplace.
O Rsync não possui uma "man page", ele tem um "man book" que é bastante denso.